Za najbolj temeljito čiščenje površin priporočamo uporabo 3-5% raztopine limonine kisline. Za pripravo, na primer, 3% raztopine dodajte 30 g limonine kisline na 1 liter vode. Napolnite kotel do roba s to raztopino in pustite stati 4-5 ur. Kotel z bolj trdovratno umazanijo lahko pustite tudi čez noč. Isti ali nov raztopino lahko uporabite za čiščenje preostalih delov vašega destilacijskega aparata. Klobuk in deflegmator postavite tako, da stabilno stojita z odprtim delom navzgor, in ju napolnite z raztopino limonine kisline. Bakerovo rektifikacijsko ploščo je lažje postaviti v posodo nekoliko večjega premera kot sama plošča, da jo popolnoma prelijete z raztopino. Da bi pospešili postopek čiščenja bakra pred oksidacijo, lahko predhodno segrejete vodo, uporabljeno za raztapljanje limonine kisline, in jo zavrete, povečate koncentracijo raztopine na 10%.
Uporabljeno raztopino limonine kisline, kljub pridobljeni zeleni barvi, lahko zlijete v posodo in jo pozneje uporabite za ponovno čiščenje.